Naruto - Vol 40-45

A batalha explosiva entre Deidara e Sasuke termina com a vitória do Uchiha, e após a luta, Sasuke e seu time seguem caçando o rastro de Itachi, até que Sasuke recebe a mensagem do irmão, dizendo para encontrá-lo no esconderijo do clã Uchiha. Enquanto isso, Itachi manda um clone para confrontar Naruto. O clone interroga Naruto, querendo saber quais suas intenções com seu irmão. Naruto diz que quer resgatar Sasuke, e Itachi diz que seu irmão tem sorte de ter um amigo assim. Por fim, Itachi coloca um genjutsu dentro da garganta de Naruto, para que o poder se manifeste caso Sasuke venha a atacar Konoha. Na vila da folha, Jiraiya se despede de Tsunade, dizendo que vai investigar sobre a Akatsuki na vila da folha, sem saber se irá retornar, deixando a amiga triste.

Jiraiya chega até a vila da chuva para investigações, e acaba descobrindo que o líder da Akatsuki se chama Pain, que possui seis versões de si mesmo. Jiraiya acha Pain e os dois acabam tendo uma luta feroz, com Jiraiya precisando ativar seu modo Sennin, invocando os seus sapos para a batalha. As várias versões de Pain leva vantagem, pois Jiraiya acaba tendo que lutar sozinho e perde um braço. Pain da o golpe final e Jiraiya afunda nas águas, mas antes envia uma mensagem em código para Konoha em um dos seus sapos. Sasuke finalmente encontra Itachi e inicia a luta por sua vingança. A luta entre os dois irmãos é cheia de jutsus e genjutsu, com várias ilusões durante o confronto. Itachi esta doente e não está com força máxima. Itachi usa o golpe "Susanoo", enquanto que Sasuke usa o poder da maldição de Orochimaru. Com seu poder, Itachi arranca todo vestígio de maldição do corpo do irmão e o liberta do poder do Orochimaru. Quando parecia que Itachi venceria, ele vai até Sasuke e toca sua testa, como fazia quando eram mais novos. Com isso, Itachi cai no chão morto. Aparece Tobi, que revela para Sasuke o seu olho, também um "Sharingan."

Tobi revela toda a história de Itachi, contando para Sasuke que fez tudo o que fez para proteger a vila da folha de um golpe de Estado vindo do clã Uchiha. Ele fez isso a mando dos anciões e acabou sendo taxado como traidor. Revoltado com isso, Sasuke entra para Akatsuki e decide que ira se vingar de Konoha, destruindo a vila da folha. Ele se recusa a pegar o Sharingan de Itachi, dizendo que vai reconstruir o clã Uchiha de outra forma. Naruto fica sabendo da morte de Jiraiya e chora pela partida do seu mestre, sendo consolado por Iruka e Shikamaru. A mensagem de Jiraiya pe decodificado, com ele dizendo que o verdadeiro Pain não está entre os seis que ele enfrentou. O sapo Fukasaku chama Naruto para treinar com ele e aprender o modo Sennin no mundo dos sapos, e assim eles partem para o treinamento. Tobi manda Sasuke e seu time irem atrás de Killer Bee, que tem a Biju de oito causas, porém, ele é amigo de sua Biju, com eles sempre lutando em parceria. Sasuke usa o máximo de sua força contra Killer Bee, ficando ferido, mas ele usa o "Amaterasu" para capturar killer Bee. Na verdade Killer Bee se deixou ser capturado para tentar enfrentar a Akatsuki, e em seguida escapa deles. Pain ataca a vila da folha com suas seis formar atrás de Naruto, mas ninguém lhe da informações. Konohamaru derrota um dos Pains com o "Rasengan" que aprendeu com Naruto. Kakashi luta contra Pain e tem dificuldades, sendo preso no chão dentro do solo. Para ajudá-lo surge Choji com sua versão gigante para juntos tentarem combater Pain.