Naruto - Vol 46-51

Os ataques de Pain contra Konoha fica mais intenso, e durante o ataque, Kakashi acaba morrendo, quando Pain usa um golpe que destroe a vila de Konoha. Desesperada, Sakura grita por Naruto, então o ninja aparece, estando agora no modo senin, por conta do treinamento com os sapos. Naruto salva Tsunade de uma versão do Pain, com apenas um golpe. Outra versão do vilão prende as mãos de Naruto com uma arma, então Hinata entra na luta para salvar seu amado, porém, acaba supostamente morta. Revoltado, Naruto desperta o poder da Kyuubi e fica incontrolável. Quando o selo seria aberto e a nove caudas tomaria o controle de Naruto, surge uma figura inesperada dentro do garoto. O antigo quarto Hokage, chamado Minato.

Minato impede a raposa Kyuubi de ser liberta e revela para Naruto que ele é na verdade o seu pai, e que usou esse sistema de defesa caso um dia a raposa tentasse assumir o controle do filho. Minato explica que selou a Kyuubi em Naruto para proteger a vila, sabendo que seu filho irá saber controlá-la. Minato refaz o selo e a Kyuubu volta a ser controlada. Naruto se emociona ao saber sobre o seu pai e retorna para a batalha contra o Pain, descobrindo onde o verdadeiro vilão estava. É revelado que Pain na verdade se chama Nagato, que tem o poder do olho Rinnegan, sendo um órfão de guerra. Sendo treinado por Jiraya, o garoto achava que era o escolhido para essa geração, então criou a Akatsuki com o desejo de trazer paz ao mundo, contra a opressão ninja. Naruto consegue derrotar Nagato, que se arrepende de tudo e traz de volta a vida os moradores da vila da folha, inclusive Kakashi. Ele também acredita que Naruto é o garoto escolhido da profecia. Após a luta, Naruto cai cansado, mas Kakashi o pega e o leva para Konoha, que faz festa, tratando Naruto como o herói da vila da folha. Depois de tanta rejeição na infância, finalmente Naruto é reconhecido por todos.

Tsunade fica doente após usar muita força na batalha contra Pain, curando pessoas. Danzou assume o lugar dela para ser o Hokage interino. Tobi avisa o time Taka que Killer Bee estava vivo e havia enganado eles. Tobi da uma nova missão a eles, de invadirem a reunião dos Kages e assassinar Danzou. Os Kages se reúnem para falarem sobre o problema com a Akatsuki, e Danzou diz que o verdadeiro líder da organização é o lendário Madara Uchiha, deixando todos abismados. É declarado então a quarta guerra ninja, onde as vilas vão se unir contra a Akatsuki. Sasuke invade a reunião, mas acaba sendo expulso a força por Gaara. Tobi salva o Uchiha, e explica a todos que as bijus são partes de um monstro que era muito maior na antiguidade. Sasuke desafia Danzou para uma luta, pois quer vingar seu irmão, e se surpreende, por Danzou tem o braço cheio de olhos Sharigans, que foram colocados nele por Orochimaru. Sasuke mata Danzou várias vezes, mas ele sempre volta a vida, porém, com um olho a menos no braço. Danzou tenta um golpe suicida, as acaba morto por Sasuke. Enquanto isso, Sakura desmaia seus companheiros para ir atrás de Sasuke. Kakashi e Sai vão atrás dela. Naruto também engana Yamato e parte para ir até os amigos. Sakura encontra Sasuke e diz a ele que quer acompanha-lo por onde ele for.